上海交通大学医学院的附属医院：截至2013年12月底，学院共有14所附属医院，其中9所综合性医院、5所专科性附属医院。

医学院系统共有74个国家重点临床专科，数量占上海市国家级临床重点专科总数的54%有39个专病诊治中心，其中30个专科被卫生部确定为国家临床重点专科建设项目，占比69.8%。