收到的工程款中扣除了一部分罚款就应该本着收支两条线的原则记账，即，收到工程款就计入工程款、该支付的罚款就支付，具体记账程序是：

1，收到工程款 借：银行存款 贷：工程结算（如果此款已经登记工程结算，就计入 应收工程款）

2，支付罚款 借：利润分配 （因为支付罚款不能计入成本，他本身代有惩罚性质，应当由自己单位的利润分配解决，如果计入成本那就占了国家便宜，所得税份额少了） 贷：银行存款