补贴资金的发放方式由实际种粮者申报补贴相关材料经乡镇政府、县级主管部门（农业农村局、财政局）按程序审核验收确认，在补助对象种植粮食的所在地进行公示，经公示无异议，并报县人民政府审核同意后，财政部门通过农民补贴“一卡通”或经营主体账号兑现补贴资金。

主要流程为各地要按照制定方案—政策宣传发动—组织申报—乡级审核—公示—汇总上报—县级联合审核（包括现场抽核）—报县人民政府审定—批复公告—发放的程序进行。