云阳县城是在长江流域，所以长江从云阳穿城而过，把云阳分成长江两岸。长江在云阳有68公里，途径云阳的巴阳，云阳新县城，云阳老县城，云阳县故陵镇。除此之外云阳还有几条小江，分别是汤溪河，磨刀溪，高阳湖，清水湖，这几条河都会最后流经云阳长江，和长江交汇。