哈尔滨工程大学自动化学院具有深厚的历史底蕴，是在原“哈军工”时期海军工程系的“海道测量”、“船舶电器自动化”、“武备自动化”和“导弹发射装置”4个专业的基础上发展起来的，从1953年“哈军工”时期海军工程系的海道测量与领航设备教研室和舰船电气设备教研室到1970年的自动控制系，再到1998年由原自动控制系、航天工程系导弹控制专业和系统工程研究室组建成立自动化学院