长水机场位于昆明坝子与嵩明坝子的分水岭上。南面属于滇池流域，北面属于牛栏江流域。

长水机场海拔2103米，冬季气温较市区低2～3度，这里的冰雪与雾一样，都是影响航班正常的天气因素。高原的温差也使气流比较活跃，特别是冬春季节，大风颠簸会比较明显。

其次长水机场距离小江断裂带较近，地质条件也复杂，喀斯特地貌溶洞、漏斗、暗河等隐藏其中。