慈菇种子的贮藏方法有窖藏法、沙藏法、露天泥藏法、水控贮藏法、田间贮藏法。田间贮藏是田间就地挖沟贮藏，每隔4~5行开一条宽30厘米左右的深沟，开沟可以防止积水引起慈菇腐烂。露天泥藏是在地势较高的地方用砖砌成坑。

水控贮藏法 利用流水降温、保湿，堆藏室内。上面覆盖草包，每4—5天浇一次清水。气温降至0℃以下时，上面更换干草包覆盖防冻。