目前，济宁医学院共有三个校区：

济宁老校区（现在只剩下一点实习生、研究生等）、

日照校区（非医学专业）、

济宁新校区（医学专业）

三个校区位置分别在济宁火车站附近、日照市东港区大学城、济宁市北湖新区，三个校区公交线路分别是：济宁市4路、12路，日照市11路、16路、18路、32路，济宁市21路、31路、36路（36路有的不去济医，坐的时候先问好）。