和硕特王国因为是卫拉特蒙古人建立的，因而在名义上隶属于清朝（皇太极在1635年征服了漠南蒙古，成为了蒙古的大汗）。1646，和硕特王国向清朝顺治皇帝称臣，清廷赐以甲胄弓矢，命其统辖诸部。之后，1652年，五世达赖进京入见，接受了顺治的册封1713年，康熙正式确定了班禅喇嘛的名号，1709年康熙帝派临时大臣赫寿赴拉萨监理硕特汗国的政务。因此在名义上，青藏高原地区很早就已经隶属于了清朝。
清朝初期，西北的准噶尔汗国崛起，成为了清朝的劲敌。准噶尔汗国在俄罗斯的支持下，不断进攻蒙古和青藏地区，葛尔丹的野心是要建立一个横跨欧亚的草原帝国。1717年，准噶尔汗国对和硕特汗国发动了袭击，灭和硕特汗国。1721年，康熙随后派遣大军攻入青藏高原，驱逐了准噶尔的势力，史称“驱准保藏”。随后康熙在西藏驻扎4000军队（后减为1000）。1728年，清朝又平定五噶伦内乱，正式在西藏设置了驻藏大臣。驻藏大臣总揽了西藏地方人事、行政、财政、军事、司法、外交等一切重要政事权力，这标志着西藏正式纳入了清朝的版图。
