1979年福建省晋江县马匹普查，将当地及周边所产马称为“闽南沿海马”，后由福建省农牧厅改称“闽南马”。1985年《福建省家禽家畜品种志和图谱》编委会将其正式命名为“晋江马”。

20世纪90年代前，晋江马的主要用途是挽用运输和农田耕作。此后，晋江市及闽南沿海地区群众丰富的文化生活和民俗习惯，促进了晋江马主要用途的转换。晋江马的主要用途已转向民俗性活动和旅游、娱乐性活动，兼顾少量耕作和运输，形成了一些养马专业户和马匹集散地，产生了较好的经济效益。这种转换有利于晋江马的开发利用和保种工作的开展。