内分泌系统受神经系统的调节控制。它的控制方法有两种：一种是直接控制，机体需要的时候，使内分泌腺分泌的激素增多，不需要的时候减少。

另一种是间接控制，也就是通过其他腺体控制，比如寒冷的刺激，可以使甲状腺分泌的甲状腺激素增多，这不是神经系统直接控制的结果，而是通过另外的腺体——脑垂体，它分泌的促甲状腺激素使甲状腺分泌增多。但是，脑垂体分泌促甲状腺激素的多少，是受神经系统控制的。因此，内分泌系统是在神经系统的直接、间接控制下活动的。