吉大一院二院三院都是各有特色，吉大一院主要擅长内科疾病，有独特的内科疗法，吉大二院科室也比较齐全，但是在眼科，五官方面更具优势，吉大三院相对于其他的医院来说外科手术更专业一些。

吉大的临床医学院现在进行了改革，变为由一院、二院、三院分别管理的形式，所以毕业证书上就不是临床医学院了，而是三个医院分别的毕业证书，三个医院各有优势，这也是为了提高竞争力从而更快的进步。