南洋公学于1905年划归商部，改名为商部高等实业学堂1906年改隶邮传部。1911年，辛亥革命爆发，学校改名为南洋大学堂1912年中华民国成立后，划归交通部管理，遂更名为交通部上海工业专门学校。在这个过程中，唐文治校长增设铁路专科、电机专科、航海专科，学校就由培养商务实业人才转而为培养工程技术方面的人才。
定名交大
西安交通大学
1920年8月，叶恭绰出任交通总长。同年12月，叶以“交通要政，亟需专材”为由，将交通部所属的上海工业专门学校、唐山工业专门学校、北京铁路管理学校和北京邮电学校合并，改名为交通大学，由叶兼任交通大学校长。1921年8月1日，本校正式改名为交通大学上海学校。
1928年11月，学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院，由铁道部长孙科兼任校长。
1937年8月1日起，交通大学划归教育部管辖，更名为台湾交通大学。按照教育部的要求，科学学院改称理学院，土机电三学院改称系，合组工学院。
战争烽火
1937年11月12日，日军占领上海，交大校舍被日寇强占，不得不多方设法在法租界内维持上课。1940年，由于后方抗战和建设急需工程人才，在重庆小龙坎筹建交通大学分校后又逐渐扩建、发展，于1942年8月在重庆九龙坡建立台湾交通大学本部。1945年8月，日本帝国主义宣布无条件投降。交大渝校和沪校两地师生们积极复员，会合建校。1949年5月，上海解放，交大被上海军管会接收。
院系调整
交通大学院系调整
50年代初，为了改变我国高等教育不合理的布局，使高等教育适应社会主义建设的需要，中央人民政府有计划、有步骤地对全国高校进行院系调整。1949年下半年到1956年，交大前后经历过多次调整，使其传统办学格局发生了很大变化。交大原有3个学院17个系，除机械、电机、造船学科得到同济大学、大同大学等上海及周边地区高校相关院系加强，其余院系几乎被全部调出，学校调整为机械、电机、造船三大类共设7个系的多科性工科大学。交大调整出去的一大批系科连同很强的师资、设备，成为很多兄弟院校的中坚力量，为我国高等教育发展做出了重要贡献。
大树西迁
交通大学西迁
1955年，出于社会主义建设和国防建设的需要，党中央、国务院决定交通大学由上海全部迁往西安。1956年起，交大师生把国家民族的要求与学校命运、个人发展紧紧地结合在一起，在彭康校长率领下积极开展迁校工作。1957年，由于国际形势趋于缓和，根据交通大学的实际情况和上海、西安两地的建设需要，国务院决定交通大学的大部分科系师生、档案文献、图书仪器迁往西安，作为交通大学的西安部分小部分留在上海并与原上海造船学院及筹办中的南洋工学院合并，作为交通大学的上海部分，两部分为一个学校，统一领导。
1959年3月，交通大学的西安、上海部分均列为全国重点大学之一。由于交大西安、上海部分都有了很大的发展和提高，加上距离较远、管理不便，国务院于1959年7月批复交通大学在西安、上海两地独立建校。交通大学西安部分定名为"西安交通大学"，原交通大学校长、党委书记彭康被任命为西安交通大学校长、党委书记。
