温州市第三十九中学西校区在温州市府东路1016号。东校区在黎明东路64号温州市第三十九中学位于绿意盎然的杨府山脚下，是2008年由温州市人民政府创办的、温州市教育局管理的我市第一所公办的专门接收新温州人子女的初中三年义务制教育学校。目前，学校已开设东、西两个校区共24个班级。学校按照浙江省九年制义务教育I类标准建设，硬件设施日趋俱全，师资力量日渐雄厚。全校教师数共计101人，东校区在职教师数达67人（市三坛2人、骨干教师5人、高级教师23人）。