南京地铁不属于省交通厅管辖，而是由南京地下铁道有限责任公司（简称南京地铁总公司，官方称谓为南京地铁指挥部)管辖。它是南京(市委)市政府直属的一个正局级行政机构(机关)，其主管南京市境内所有市属轨道交通的建设、运营以及相关产业实业开发。