事业单位的主管部门一般指的就是对事业单位业务具有指导和监管责任的直接领导机构。比如说学校的主管部门是教育体育局文化宫、图书馆、博物馆等文化类事业单位的主管部门是文化和旅游局医院等卫生事业单位的主管部门是卫生健康委。