集体农庄的最高权力属于集体农庄庄员大会（代表大会）。由庄员大会选出的管理委员会和集体农庄主席（也就是管理委员会主席）领导和管理集体农庄的日常活动，并向代表大会报告工作。

集体农庄内部按生产原则或者地区原则设立其下属单位。

大型集体农庄为三级组织结构，即集体农庄、分农庄、生产队（畜牧场），中小型集体农庄为两级组织结构，即集体农庄、生产队（畜牧场）。