元朝时这一带是四级行政区划，亳州依然管辖着数县，只是属归德府管辖，归德府属河南江北行省管辖。而蒙城县此时不属亳州，属安丰路管辖。明朝为公元1582年明朝时期。此时今亳州市境内存在一州一县，均属凤阳府管辖。在此之前的谯县已并入亳州。此时的亳州不辖县，亳州即谯县，谯县即亳州。之前一直归属亳州的今鹿邑、永城、郸城等县，从此和亳州分开 。