南通通州湾归南通市管。现通州湾所辖区域原为南通市通州区的三余镇，海晏镇及北兴桥镇，后南通市为进一步扩大海洋经济，提升城市未来规模，将该三镇统一变更为现在的通州湾，与原通州区平级均为正处级行政单位，但通州湾的下属行政机构设置人员偏制规模较小。