南通境内有12个比较大的渔港如下：

启东市有吕四中心渔港、茅家港、篙枝港、塘芦港、协兴港、连兴港渔港

如东县有洋口、东凌、刘埠渔港

海门区有东灶渔港

海安市有老坝港渔港

通州区有遥望港渔港。

南通渔港不仅发挥渔船避风、靠岸的功能，而且形成一个个区域渔业生产、水产品贸易和加工、观光旅游的中心点，带动周边地区经济的发展。启东市吕四国家中心渔港、如东县洋口国家中心渔港获评“全国文明渔港”