同济大学医学院可追溯至1907年，德国医生埃里希·宝隆在上海创办的德文医学堂，德文医学堂是同济大学的前身，也是同济医学专业的开端。20世纪50年代，在全国高等学校院系布局调整中，医学院整体迁出至武汉，后发展为华中科技大学同济医学院。2000年4月，同济大学与原上海铁道大学合并，在原上海铁道大学医学院的基础上恢复设立了同济大学医学院。