顺天府由于是首都的最高地方行政机关，所以府尹的职位特别显赫，品级为正三品，高出一般的知府二至三级，由尚书、侍郎级大臣兼管。

正三品衙门用铜印，惟顺天府用银印，位同封疆大吏的总督、巡抚。顺天府所领二十四县虽然在直隶总督辖区内，但府尹和总督不存在隶属关系。但北京城垣之外的地区由直隶总督衙门和顺天府衙门“双重领导”，大的举措要会衙办理。北京城垣之内，直隶总督无权过问。清代北京城区行政管理体制最大的特点是满汉分城而居，分城而治。“旗人”均住在内城和西郊三大营，汉族和其他少数民族居住在外城。外城分为五城十坊，故时人有“内八旗外五城”之说。