万吨级深水泊位标志13个，万吨级以上锚地泊位6个航道标志：长江下游从南京到长江口为通海航道，目前龙爪岩至燕子矶航道维护水深-10.5米，宽大于200米，航道转弯半径远远大于5倍通航船舶的船长。满载淡吃水水深-9.70米以下的海船可常年通航。因受南京长江大桥净空高度和航道水深限制，大桥以上5000吨级船可到芜湖，在中洪水位时可达九江、武汉3000吨级船可到武汉、城陵矶。
港区有航行标志82处，包括过河浮标15处，船浮60处，沿岸标志7处。另外还有5组桥涵标。锚地：共有八处，分别是梅中锚地、梅子州锚地、上元门锚地、新生圩锚地、栖霞山锚地、鸟渔州锚地、仪征锚地和联检锚地 .
