“同济”二字最早源于德国籍医生埃里希·宝隆创办于1900年在上海创办的“同济医院”（该“同济医院”不同于前文所述的同济医院），1907年又在“同济医院”的基础上创办了“上海德文医学堂”，并先后3次更名，分别是1908年更名为“同济德文医学堂”、1912年更名为“同济医工学堂”、1927年更名为“国立同济大学”。

1950年至1951年同济大学医学院及附属同济医院整体迁往湖北省武汉市，与武汉大学医学院合并，命名为“中南同济医学院”，随后于1955年更名为“武汉医学院”。1985年，经卫生部批准，武汉医学院更名为“同济医科大学”。2000年，“同济医科大学”与华中理工大学合并为华中科技大学后，成立同济医学院并设附属同济医院。