首先，蛋白质合成时先是由小亚基的16S rRNA与mRNA结合，当mRNA与小亚基固定好后，大亚基才结合上来。这是细胞合成蛋白质的一种翻译水平上的调控方式。小亚基负责模板的固定和起始密码子的先把，大亚基负责是氨酰tRNA的入位，肽键形成，以及tRNA出位。

在原核生物中，由于一个mRNA分子可能编码多个蛋白质，所以一条mRNA上就有多个起始密码子，所以在一个蛋白质翻译完成之后，核糖体大小亚基会暂时分离，直到小亚基结合到下一个起始密码子后。

所以在一个蛋白质翻译完成之后，核糖体大小亚基会暂时分离，直到小亚基结合到下一个起始密码子后。