学校是博士、硕士学位授权单位。

学校设有农学院、园艺学院、动物科学技术学院、资源与环境学院、中药材学院、工程技术学院、食品科学与工程学院、生命科学学院、信息技术学院、经济管理学院、人文学院、外国语学院、国际交流学院（筹建）、成人教育学院等14个学院，另外在长春双阳区有一个二级学院：吉林农业大学发展学院．还设有军体教研部、研究生部和教育技术中心。

共有56个本科专业，51个硕士学位授权学科，2个博士学位一级授权学科，17个博士学位二级授权学科，7个博士后科研流动站，1个国家重点（培育）学科，3个部级重点学科，10个省级重点学科。