两者主要区别是：活性酶是一类生物催化剂，不具有生命特征。活性菌是具有活性的微生物，具有生命特征(如新陈代谢、繁殖、遗传变异等)。

两者主要联系是：活性菌能产生活性酶。如：人体肠道中有各种活性菌(大肠杆菌等)，它们会产生各种活性酶，帮助人体消化食物。