1948年6月新中国成立前夕，中共东北局决定：东北大学与吉林大学合并，保留东北大学校名。

学校委派王迪光同志任系副主任，筹建体育卫生系，隶属于学校第一部自然科学部管理，学校设在吉林市八百垄原长白师范学院校址，1948年10月第一批青年学生共16人入学。体育卫生系创建初期，共有专业教师5人：王迪光、鞠兴绶、谢迪光、徐绍周、于溪春。1949年2月28日，中共东北局大学委员会、东北行政委员会教育部发布《对于在此年东北各校学生处理办法的规定》将沈阳东北大学、吉林的长白师范学院和长春大学的学生及教职员全部编入东北大学，分配到体育卫生系。

教师有：杨钟秀、刘长春、苑廷瑞、庞英、祝乃贵、高英夫、吴士梁和钱世俊等，原有各学校学生根据学籍编入各班级学习，随后东北大学又聘请原中央大学体育系工作的杨纯福、程登科和康绍远3位老师来系任教，教师队伍逐渐壮大，教学质量不断提升，学生除了本科学制外增设了专修科和干训班等学制。1949年8月体育卫生系随东北大学迁址长春，校址设在长春市斯大林大街。