最大的区别是，蓝细菌是原核生物，没有核膜包围的细胞核。绿藻是真核生物，具有细胞核。

真核生物和原核生物的区别在于有无成型的细胞核。真核细胞有核膜核仁等结构，原核细胞只有一团核物质，没有核膜，除了有核糖体，也没有其他的细胞器。

绿藻是真核植物，具有各种细胞器，具有分布在质体中的光合色素，在细胞中央具有液泡，以及由两层纤维素和果胶质组成的细胞壁。

蓝细菌有细胞壁，由粘肽组成无真正细胞核，核的组成物质集于细胞中央，无核膜及核仁细胞内除含有叶绿素和类胡萝卜素外，还含有藻蓝素，部分种类含藻红素色素分散在细胞质的边缘，藻体因所含色素种类和多少而呈现不同的颜色。