云南府博物馆正式成立于1901年(清光绪二十七年),是中国人创立的第一家公立博物馆。作为一家官办的公共机构,云南府博物馆归当时的云南巡抚衙门管理,地点位于云南育才书院,博物馆创办人孙光庭。

除了中国传统的金石字画、文玩碑刻展览以外,云南府博物馆兼具自然历史博物馆的功能,设有陈列植物和动物标本的自然历史专门展厅和主题展览。在展览的同时,云南府博物馆还曾经面向公众开设自然历史和动物学的公共课程。

作为云南府博物馆的发起成立者也是首任馆长,孙光庭于1863年出生在云南曲靖。1901年创办云南府博物馆后,他被云南地方政府任命为留日学生监督,赴日管理留学生事务。这段生涯对孙光庭进一步发展云南府博物馆起到了影响作用,特别是在自然历史和动物学方面。