公司前身为甘肃省国营机械化农场管理局，创立于1954年1959年，在其基础上成立了甘肃省农垦局1965年，甘肃省农垦局和中国人民解放军农业建设第十一师合并为农建十一师1969年，农建十一师改编为兰州军区生产建设兵团第一师、第二师和林建师1974年，国家撤消军垦管理体制，农垦系列单位被下放地区管理1978年，甘肃省人民政府恢复甘肃省农垦局，原兰州军区生产建设兵团第一师、第二师和林建师划归为甘肃省农垦局管理。1983年，甘肃省农垦局改名为甘肃省农垦总公司。2002年3月，根据甘政函[2002]26号《甘肃省人民政府关于组建甘肃省农垦集团有限责任公司的批复》，在甘肃省农垦总公司的基础上，整体改制组建甘肃省农垦集团有限责任公司。