自然村就是一个自然生成的村庄，有大有小，而行政区是政府根据习惯，地形地貌，历史生成，等诸多原因将若干个自然村组合成一个行政区，便于政府对其行使行政职能，也就是现在的村委会，镇政府，县政府，市政府和省政府，所以说两者最大区别是自然村单一自然生成，而行政区是若干地区组合成的。