1995年6月27日，国家教委批准佳木斯医学院与佳木斯工学院、佳木斯师范专科学校、原佳木斯大学合并组建新的佳木斯大学。1996年11月，中共黑龙江省委任命张少杰为党委书记、吕学诜为校长，学校进入实质性合校阶段，实行校院两级管理。我国改革开放进入新时代以来，根据国家和省关于深化医教协同进一步推进医学教育改革与发展的意见和方案，以及学校自身医学教育改革的形势需要，2019年4月，学校开展了新一轮机构设置以及干部调整工作，设立医学部，医学教育工作实行学校-医学部-学院三级管理。