1993年7月29日，国家教育委员会同意由海南省通什师范专科学校和海南省通什教育学院合并组建为琼州大学（专科）为综合性大学。
1994年4月13日，琼州大学正式挂牌成立。
2006年，琼州大学升格为本科院校，更名为琼州学院。同年4月海南民族师范学校并入琼州学院。
2008年，学校主校区由五指山市搬迁至三亚市，同年成为教育部十大“教育援外基地”之一。
2009年，学校获得学士学位授予权单位。
2010年，学校成为海南省人民政府、三亚市人民政府共建高校。
2011年，申报成为 “服务国家特殊需求人才培养项目”——培养旅游管理硕士专业学位研究生试点单位。
2012年，成为上海合作组织大学中方成员院校。
2013年，通过教育部本科教学工作合格评估，同年成为民政部首批国家社会工作专业人才培训基地。
2014年，学校大学科技园被认定成为国家级大学科技园。
2015年成为中国-东盟教育培训中心同年9月，“琼州学院”更名为“海南热带海洋学院”。
2018年12月，海南省海洋与渔业科学院转隶归属学校管理。
