昆明长水机场为运营基地的航空公司共有7家，按市场份额排名如下：

公司

性质

市场份额（预估）

东航云南分公司

国有

33%

祥鹏航空

民营，海航控股

13%

南航云南分公司

国有

10%

昆明航空

国有，深航控股

6%

川航云南分公司

国有

5%

瑞丽航空

民营，景成集团控股

4%

红土航空（湖南航空）

民营，同程控股

1%