现任校长是黎奇升。

黎奇升，男，土家族，湖南桑植人，1964年8月生，中共党员，理学博士，教授，硕士生导师。现任吉首大学党委副书记、校长。兼任湖南省数学会监事长、湖南省高等教育学会副理事长、湖南省高等教育学会教学管理专业委员副理事长、中国高等教育学会素质教育分会常务理事，《数学教育学报》《数学理论与应用》编委，《MathematicalReviews》评论员。