南京工程学院学校由两所分别隶属于原国家机械部和原国家电力部的国家示范性高工专——南京机械高等专科学校和南京电力高等专科学校于2000年合并组建而成，2001年，原隶属于国家核工业部的南京工业学校并入学院。

南通大学是江苏省人民政府和国家交通运输部共建的综合性大学，江苏省十五所重点建设大学成员，教育部“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校。学校的办学历史最早可追溯到近代著名实业家、教育家张謇先生于1912年创办的私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校。学校是国家首批具有硕士学位授予权的单位，具有博士学位授予权，2004年5月经教育部批准，由南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科大学合并组建而成。

总体来说，南通大学强些，但是还是要具体到什么专业的，其实都是本二，毕业后区别不大，还是看你的专业和个人的努力啦。