1、不具备明显的核结构，只有DNA的集中区，称为拟核(nucleoid)。
2、基因组较小，只含有一价染色体，呈环状，绝大多数只有一个复制起点，一个基因组就是一个复制子。
3、染色体不与组蛋白结合。已经发现大肠杆菌拟核中有几种类似真核生物染色体蛋白质的碱性蛋白，但其作用尚不清楚。
4、重复序列和不编码序列很少。越简单的生物，其基因数目越接近用DNA分子量所估计的基因数。如MS2和λ噬菌体，它们每个基因的平均碱基对数目大约是1300。如果扣除基因中的不编码功能区，如附着点以沪attP，复制起点、黏着末端、启动区、操纵基因等，几乎就没有不编码的序列了。这点与真核生物明显不同，据估算，真核生物不编码序列可占基因组的90%以上。这些不编码序列，其中大部分是重复序列。在原核生物中只有嗜盐菌、产甲烷菌和一些嗜热菌、有柄细菌的基因组中有较多的重复序列，在一般细菌中则只有rRNA基因等少数基因有较多的重复。
5、功能密切相关的基因常高度集中，越简单的生物，集中程度越高。例如，除已知的操纵子外，λ噬菌体7个头部基因和11个尾部基因都各自相邻近，头部和尾部基因又相邻近。再例如，有关DNA复制基因O、P整合和切离基因int、xis 重组基因reda、redβ调控基因N、cΙ、cⅡ、cⅢ、cro也集中在一个区域，而且和有关的结构基因又相邻近。这种集中现象在真核生物中是极少见的。
