所谓专项资金，是国家或有关部门或上级部门下拨的具有专门指定用途或特殊用途的资金。这种资金都会要求进行单独核算，专款专用，不能挪作他用。 一般来说专项资金是指财政部门或上级单位拨给行政事业单位，用于完成专项工作或工程，并需要单独报帐结算的资金。也就是说，专项资金有三个特点:一是来源于财政或上级单位二是用于特定事项三是需要单独核算。专项资金按其形成来源主要可分为专用基金、专用拨款和专项借款三类。
专项经费是单位工作经费不足，或为了顺利完成某项特定业务，在日常经费不能满足其需要，又单独行文申请或提取的专项管理费，用于专项管理的经费，不同于专项资金。它同样需要单独核算，专款专用，专项经费不得开支有工资性收入的人员工资、奖金、津贴补贴和福利支出，不得开支罚款、捐赠、赞助、投资等支出。
如农业综合开发项目，根据《农业综合开发资金管理办法》规定，农业综合开发资金专项资金的使用只能用于项目建设所需的材料、设备项目可行性研究、初步设计、环评、勘察、工程决算审计工程监理费科技推广费项目管理费土地治理项目工程管护费等。其中农业开发项目管理费属于专项经费，主要用于农业综合开发项目实地考察、评审、检查验收、宣传培训、工程招标、信息化建设、工程实施监管、绩效评价、资金和项目公示等项目管理方面的支出。农业综合开发财政资金应当严格执行国家有关农业综合开发财务、会计制度，实行专人管理、专账核算、专款专用。
