不都是。

最高最好的大学都是部属，大部分都由教育部管辖，其他如中科院、外交部、国防科工委、国家民委、公安部、安全部、海关总署、民航总局、国务院侨务办公室、体育总局、地震局也管辖少量高校。

其次是地方高校，地方高校又分省属和市属，省属由省教育厅管，市属由当地市教育局管（主要办学经费由当地市政府出资，省教育厅负责指导，同时省上也要给一部分经费）。