长沙市中心医院拥有国家级重点建设专科1个，省级重点专科3个，市级重点专科10个，市级质量控制中心9个，获批长沙市急性胸痛中心、急性中毒救治中心、肿瘤生物治疗中心以及长沙市脑卒中中心。
设有长沙市老年医学研究所、长沙市结核病学研究所、长沙市肿瘤研究所，为国家药物临床试验基地、国家自然科学基金依托单位、国家卫计委病理远程会诊与质控试点单位、国家卫生计生委脑卒中筛查与防治示范基地医院、国家流感哨点监测医院、2014年度全国医院感染横断面调查先进单位、中南大学湘雅医学院硕士生培养基地、中南大学国家级大学生校外实践教育基地、国家卫生计生委第一批住院医师规范化培训基地、湖南大学硕士生培养基地、南华大学硕士生培养基地、湖南省基层医疗机构全科医生转岗培训基地、湖南省专科护士临床实践技能培训基地。
