菏泽市开发区当然归菏泽市管辖。

菏泽市开发区目前有两个，东西各一。东部叫菏泽经济技术开发区，辖原菏泽市牡丹区的丹阳、佃户屯、岳程街道办事处及后来定陶县的陈集镇、孟海乡、半堤乡。西部叫菏泽市高新区，辖菏泽城区昆明路以西部分，原牡丹区的万福、吕陵、马陵岗乡镇。