不会扣分，因为已经行车在路口靠停止线时绿灯闪烁表示提醒驾驶员通行时间即将结束，但绿灯闪烁时已经过停止线的车辆，在注意安全的情况下是可以通行的，并且不会扣分，但必须要礼让正常通行的车辆，所以绿灯闪烁变黄灯过去不会扣分。