玉门市有10个镇。作为酒泉市管辖的一个县级市，境内共辖新老2个市区，10个镇（玉门镇、赤金镇、花海镇、柳河镇、黄闸湾镇、下西号镇、昌马镇、清泉镇、柳湖镇、六墩镇 ），2个民族乡（小金湾东乡族乡、独山子东乡族乡），3个工业园区（老市区管委会，建化园区管委会、开发区管委会）。