三峡工程分三期进行施工，这是因为三峡工程必须分三期进行施工导流的缘故。施工导流是水利工程施工特有的一道必不可少的工序。水利工程是在河流上施工，这就需要先进行“截流”，让河水避开河道中的施工场地，从另外的通道流向下游。
三峡工程三斗坪坝址处有一中堡岛，将长江分为大江和后河，大江宽900米，后河宽约300米，为河床分期导流提供了良好的地形条件。根据国务院三峡工程建设委员会批准的“明渠通航、三期导流”的施工方案，1993年-1997年为准备工程和一期工程阶段。
准备工程的主要任务有：坝区（包括对外交通和砂石料场）征地与移民，场地平整，场内外交通工程（包括西陵长江大桥和坝区码头工程等），供电、供水、排水、供风、通讯、仓储等系统，房屋建筑，砂石料、混凝土、制冷系统，综合加工企业等。
一期工程的主要任务有：填筑一期土石围堰，将中堡岛及右岸后河围护起来，形成一期基坑，将水抽干，开挖至新鲜花岗岩石，修建混凝土导流通航明渠，长江水流和过往船舶仍从大江主河道通行。导流通航明渠和左岸临时船闸竣工后，拆除一期土石围堰，进行三峡工程的第一次截流――大江截流。1997年11月8日，大江截流的胜利实现，标志着一期工程的完成和二期工程的开始。
1998年-2003年为二期工程阶段，主要任务有：在一个枯水期内完成二期上、下游土石围堰的填筑，将围堰围护的大江基坑内的水抽干，开挖至新鲜岩石后，浇筑混凝土重力坝的泄洪、左岸电厂、垂直升船机、左岸非溢流坝等坝段，浇筑水电站厂房、安装首批水轮发电机，同时修建左岸永久船闸。长江水流从导流明渠通过，过往船舶从导流明渠或临时船闸中航行。2002年11月6日进行了三峡工程的第二次截流――导流明渠截流。截流成功后，在导流明渠内抢修碾压混凝土围堰至140米高程，长江水流从泄洪坝段底部的22个导流底孔中宣泄，船舶从临时船闸通行。2003年6月1日，三峡水库开始蓄水，6月中旬，蓄水至135米，永久船闸开始通航，10月，首批机组开始发电。
2004年-2009年为三期工程阶段，主要任务有：完成右岸厂房坝段和右岸非溢流坝段、右岸电站厂房的混凝土浇筑及相应的金属结构安装，左右岸电站全部26台机组的安装，全部输变电工程，建成垂直升船机，拆除碾压混凝土围堰和三期下游土石围堰，河床封堵泄洪坝段导流底孔等。
