北校区，位于中山路228号

南校区，位于人民南路西50米

菏泽市实验中学是菏泽市在市区创建的第一所实验中学。

市实验中学的前身是丹阳中学。为全面贯彻落实市委市政府《关于加快市经济开发区建设的决定》，加快开发区教育事业发展，理顺开发区教育管理体制，提升开发区教育水平，市教育局决定，将丹阳中学更名为市实验中学。