北京自然博物馆开放时间为每天10:00-16:00（15:00停止入馆），周一例行闭馆（法定节假日除外）。票务系统每天11:00更新，可预约三天内门票。一张证件只能预约1人，每个身份证号每日仅可预约1次。暂不接受团体预约、现场预约和电话预约。老年人及儿童也需提前完成预约。
开放期间，全天分两个时段错峰入馆：10:00-13:00时段500人，13:00-16:00时段500人，额满为止。除《恐龙公园》展厅、水生生物厅、《走进人体》展厅、4D影院暂不开放之外，其他展厅均恢复开放。二层商品服务部暂不营业。观众须在入口处完成体温检测，使用北京健康宝进行本人信息扫码登记等防疫行程检查，出示本人二代身份证或本人特殊证件（包括军官证、士兵证、港澳通行证、台胞证或护照等）。
