北京同仁医院有两个院区，分别在东城区崇文门内大街东西两侧，相对而立。东院区是同仁医院的门诊楼。而西院区则是急诊室和住院病房楼。除此以外，同仁医院在北京经济技术开发区还设有分院。距市区稍微有点远，是在开发区所在的亦庄地区。