北京交通大学设有电子信息工程学院、计算机与信息技术学院、经济管理学院、交通运输学院、土木建筑工程学院、机械与电子控制工程学院、电气工程学院、理学院、语言与传播学院、软件学院、马克思主义学院、建筑与艺术学院、法学院、詹天佑学院、国家保密学院、威海国际学院等16个学院，并设有研究生院以及远程与继续教育学院，学校开设有62个本科专业。