蚌埠医学院有两处，一处坐落在治淮西路，属于龙子湖辖。是蚌埠医学院的老校区。另一处座落在蚌埠市大学城，在龙子湖的东侧，地域管辖为蚌埠市蚌山区。行政管辖划规蚌埠市经济开发区管辖范围。是蚌埠医学院成立的新校区。另外蚌埠医学院有两个附属医院，第一附属医院在老校区，第二附属医院是原来的铁路医院改制成立的。